La correspondance de Freud à Fliess, dont seules ont été conservées, à trois excepetions près, les lettres de Freud, s'étale sur près de dix-sept ans. 286 missives qui se lisent comme un journal intime dans lequel Freud livre des notations tendres, cyniques ou drôles, sur ses patients, ses enfants, ses voyages, ses humeurs et ses doutes. Mais Fliess n'est pas seulement un confident, il est un interlocuteur privilégié que Freud a choisi d'associer à sa recherche sur les névroses et la sexualité, le rêve et l'inconscient, et le moyen pour Freud de préciser ses recherches et d'élaborer sa « théorie sexuelle ».Cette correspondance, augmentée d'extraits des correspondance de Freud avec Marie Bonaparte et Ida Fliess, est la chronique de l'invention de la psychanalyse. « Je suis infiniment heureux que tu me fasses le cadeau d'être un autre, un critique et un lecteur et qui plus est de ta qualité. Sans public aucun je ne peux pas écrire. » (Lettre 167, 18 mai 1898)